1. QUY NGUYÊN TRỰC CHỈ: QUYỂN THƯỢNG - 1. Chánh tín niệm Phật sẽ được vãng sanh
2. 2. Tôn sùng Tam bảo và giáo pháp
3. 3. Hiếu dưỡng và báo ơn cha mẹ
4. 4. Trên đường cầu thầy học đạo
5. 5. Bài văn qui kính chỉ rõ phép tham thiền
6. 6. Chỗ khó dễ của phép tu thiền và Tịnh độ
7. 7. Phân biệt lẽ chánh tà để dứt lòng nghi
8. 8. Khuyên người phát nguyện chân chánh, quyết định vãng sanh
9. 9. Bài kệ dạy người niệm Phật, phát nguyện
10. 10. Đại sư Trí Giả khuyên người chuyên tu tịnh độ
11. 11. Thiền sư Vĩnh Minh Thọ răn người chưa ngộ đừng khinh Tịnh độ
12. 12. Thiền sư Trương Lô Trạch khuyên người tham thiền tu Tịnh độ
13. 13. Long Thư Vương cư sĩ khuyên người tu pháp Tịnh độ thẳng tắt
14. 14. Thừa tướng Trịnh Thanh Chi khuyên tu Tịnh độ
15. 15. Biện minh thuyết Tây phương Tịnh độ của Lục tổ đại sư
16. 16. Các vị Tổ sư hướng về Tịnh độ
17. 17. Các kinh hướng về Tịnh độ
18. 18. Luận về nguyên nhân, sự, lý của việc niệm Phật
19. 19. Bài văn của cư sĩ Long Thư khuyên giữ gìn khẩu nghiệp
20. PHỤ LỤC 1: Trăm bài thơ vịnh Tây phương
21. QUY NGUYÊN TRỰC CHỈ: QUYỂN TRUNG - 1. Tam giáo đều hướng đến giáo hóa cho người cuộc sống tốt đẹp
22. 2. Độc Phong Thiện Thiền sư: Tam giáo đồng một lý
23. 3. Diêu thiếu sư: Phật pháp không thể diệt mất
24. 4. Luận về Tam giáo một cách công bằng
25. 5. Hoàng môn Thị lang đời Bắc Tề: Bài luận trừ những chỗ sai lầm
26. 6. Tam giáo dạy về chân như bổn tánh
27. 7. Đông Pha Học sĩ thuyết về việc ăn uống
28. 8. Bài văn giới sát của Tổ sư Ưu Đàm
29. 9. Văn giới sát của Thiền sư Phật Ấn
30. 10. Văn giới sát của Thiền sư Chân Yết
31. 11. Văn giới sát của Tổ sư Phổ Am
32. 12. Răn việc sát sanh để cúng tế trời đất
33. 13. Con hiếu thờ cha mẹ không sát sanh
34. 14. Răn việc giết thịt đãi khách
35. 15. Răn việc giết hại để sanh nở được an ổn
36. 16. Răn sát sanh trong việc mừng sanh nhật
37. 17. Răn việc sát sanh để cầu được thỏa nguyện
38. 18. Răn việc sát sanh cầu quỷ thần cứu nạn
39. 19. Răn việc giết hại vì người chết
40. 20. Răn việc giết hại trước khi cầu siêu, trai giới
41. 21. Lòng từ bi không giết hại, thường phóng sanh
42. 22. Rộng khuyên tất cả mọi người đừng giết hại
43. 23. Thân là cội khổ, giác ngộ sớm tu
44. 24. Văn cảnh tỉnh của Thiền sư Vĩnh Minh Thọ
45. 25. Dứt sạch lòng nghi, tu theo Tịnh độ
46. 26. Ba vị Đại Thánh dứt lòng nghi cho người
47. 27. Thiền sư Vạn Tông chỉ thẳng đường tu
48. 28. Lược nói về ba hội Long Hoa
49. 29. Những lời cốt yếu trong sách Tông kính
50. 30. Bài văn lễ Phật và phát nguyện
51. 31. Tu Tịnh độ thành Phật
52. QUY NGUYÊN TRỰC CHỈ: QUYỂN HẠ - 1. Biện minh lẽ dị đoan
53. 2. Biện minh về học thuyết Dương, Mặc
54. 3. Biện minh ý nghĩa hư vô tịch diệt
55. 4. Biện minh về quỉ thần
56. 5. Biện minh việc trời đánh
57. 6. Các vị vua quan và danh nho học Phật
58. 7. Các nhà Nho học Phật
59. 8. Học Phật bài bác Phật
60. 9. Nghe theo người khác bài bác Phật, thêm ý kiến mình để bài bác Phật
61. 10. Phá trừ ý kiến không tin nhân quả
62. 11. Phá trừ ý kiến không tin địa ngục
63. 12. Nói về địa ngục, luân hồi và súc sanh (Trích từ các sách của Nho gia)
64. 13. Nói về việc đầu thai thác sanh luân chuyển
65. 14. Biện minh định nghiệp của Lương Võ đế
66. 15. Biện minh ranh giới các cõi đông tây
67. 16. Biện minh kinh điển của Tam giáo
68. 17. Biện minh chỗ chí đạo trong Tam giáo
69. 18. Biện minh chỗ hơn kém trong Tam giáo, khuyến tu Tịnh độ
70. 20. Biện minh về tinh, khí, thần
71. 21. Lìa hình tướng, rõ chân tánh, vãng sanh Tịnh độ
72. 22. Thân tuy xuất gia, chẳng cầu Tịnh độ
73. 23. Bùi Tướng quốc luận việc thân tâm là hư giả
74. 24. Cư sĩ Long Thư bàn về sự dâm dục và giết hại
75. 25. Lý và sự tức thời trọn vẹn
76. 26. Làm người quân tử
77. 27. Luận về cái tình thường
78. 28. Bàn về nhân, quả nhỏ nhặt
79. 30. Bàn về sự chuẩn bị trước
80. 31. Bàn về việc gửi kho công đức
81. 32. Bàn về ba đại kiếp quá khứ, hiện tại và vị lai
82. 33. Kinh Thi-ca-la-việt lễ bái sáu phương
83. 34. Lời dạy của các vị Thái Thượng, Đông Nhạc
84. 35. Luận răn đời của Tử Hư Nguyên Quân
85. 36. Văn khuyến thiện của tiên sanh Khang Tiết
86. 37. Phương thuốc trị tâm của Đại sư Vô Tế
87. 38. Bài toát yếu khuyên thực hành nhẫn nhục
88. 39. Khuyên người tôn trọng giữ gìn giấy có chữ viết
89. 40. Khuyên tu Tây phương Tịnh độ
90. 41. Rộng khuyên việc tu trì Tịnh độ
91. 42. Chuẩn bị hành trang trên đường về Tịnh độ
92. 43. Lâm chung chánh niệm được vãng sanh
93. 44. Ba điều nghi lúc lâm chung
94. 45. Bốn cửa ải lúc lâm chung
95. PHỤ LỤC 2: Trăm bài thơ vịnh đời sống nơi núi sâu